市販されているエンジェルエッグ（天使の卵）から生まれた素体をユーザーの好みに合わせてセットアップし、作り出した自分だけのエンジェルを、他ユーザーのエンジェルと闘わせるバトルゲーム。それがエンジェリックレイヤーだ。

主人公の「鈴原みさき」は中学1年生。東京の中学校「エリオル学園中等部」に通うために、叔母であるニュースキャスターの「浅見祥子」を頼って上京する。上京の際、偶然東京駅で見たのは、「天使（エンジェル）」と呼ばれる人形たちが、テレビ画面の中で華麗に戦いあう擬似格闘ゲーム「エンジェリックレイヤー」。そのゲームの虜となった「みさき」は「天使の卵（エンジェルエッグ）」を購入。白衣を着たあやしいオジさん、「いっちゃん」（実は、「エンジェリックレイヤー」の創作者、三原チーフ）に教えてもらいながら、自分だけの天使「ヒカル」を作り出した。
「いっちゃん」の協力のもと練習を積んだ「みさき」は、町内主催の「エンジェリックレイヤー」大会に出場し、見事勝利する。これを機に、「みさき」はいよいよ「エンジェリック レイヤー」公式トーナメントへ挑むこととなった。
次々と現れる強豪対戦者達を相手に、はたして「みさき」は「ヒカル」とともに勝利を手に入れることができるだろうか…！？